(一)办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作。承担综合性报告、文件起草和政务公开、保密、信访、政务值守、目标管理、督办检查、综合协调等工作。组织办理建议、提案。负责局机关和局属单位综合治理工作。组织协调新闻宣传工作。

承担局机关和局属单位的机构编制管理、干部人事、劳动工资、技术职称、劳动保险、年度考核等工作。指导局属单位行业职业教育、岗位培训、人才队伍建设。负责审核管理出国出境工作。负责局机关离退休干部工作，指导局属单位的离退休干部工作。

负责市交通运输系统党建、党风廉政建设。协调并支持机关工会、共青团、妇委会等群团组织依照各自章程独立负责地开展工作。负责市交通运输系统精神文明建设工作。

(二)行政审批股(政策法规股)。负责行政审批事项的受理。负责组织协调行政审批事项的勘查、论证、审核、上报等相关工作。负责行政审批工作的组织、协调、办理和督办。负责政务服务和市政务服务大厅(交通运输窗口)的日常工作。负责督促指导全市船舶检验工作。

组织开展交通运输政策研究，指导有关体制改革工作。负责组织实施重大课题调研，提供决策服务。组织拟订有关交通运输地方性法规和政府规章，负责有关规范性文件的合法性审核工作。组织指导行业普法。指导交通行政执法、执法监督管理，承担有关行政复议、行政诉讼工作。

(三)计划股。组织拟订综合交通运输发展战略，编制综合交通运输规划，承担综合运输体系的规划协调工作。组织编制公路、水路发展战略及规划。负责拟订物流发展战略和规划。组织项目前期工作的评估审核。承担铁路、民航、邮政等行业规划的管理协调工作。负责编制全市公路、水路年度计划，拟订固定资产投资规模、建设项目。指导交通建设有关项目的前期工作，承担交通建设重点工程后评价工作。负责行业统计工作。指导全市公路、水路行业环境保护和利用外资工作;负责本行业(领域)招商和投资促进相关工作。承担国防动员和交通战备有关工作。组织拟订全市公路、水路行业科技、信息有关政策、制度并监督管理;组织协调有关重大科技项目研究。

(四)建设管理股。贯彻落实交通建设行业技术标准，负责全市交通建设行业监管，维护交通建设市场秩序;负责市管交通工程建设项目的质量监管、竣工验收等工作。负责交通工程建设安全生产监督管理。承担铁路、民航、邮政等项目建设的管理协调工作。负责市交通重点工程建设和养护的招投标监督管理，组织开展市场监督检查工作。负责建设和养护市场的从业资质和信用体系建设，牵头交通运输诚信体系建设。

(五)公路股。参与拟订全市公路专项规划、年度投资规模、建设项目。负责组织协调全市公路建设、养护技术管理和技术审查。组织指导全市公路路政、安全应急管理和治超工作。承担市公路治超办公室职责。指导公路行业安全生产。负责公路网的运行监测和应急处置协调工作。宣传贯彻落实国家、省、市有关农村公路建设、养护、管理的相关法律、法规和规章。制定全市农村公路建设养护技术政策和管理办法，实施农村公路建设质量、进度、安全及资金使用等行业监督与管理。

(六)财务审计股。负责拟订交通财务、资产管理、内部审计政策、制度、标准并监督实施。负责市政府投资交通重点工程建设项目资金筹措和监督管理。承担部门预算、政府采购、绩效评价、投资融资、银行信贷、政府债务等有关管理工作。负责局机关财务及资产账务管理工作。承担局及局属单位财务、资产监管和内部审计工作。指导全市交通运输系统财务管理和内部审计工作。

(七)运输安全股(应急办公室)。负责拟订全市道路、水路客运及货运物流、运输市场监管、安全生产、应急管理等方面的有关政策、制度并监督实施。负责道路客货运输行业管理，指导道路运输企业和“两客一危一货”等营运车辆安全生产监督管理。负责综合运输服务协调与衔接及多式联运等工作，负责国际运输相关管理工作，组织公路水路运输国际合作，开展与港澳台地区的交流与合作。负责机动车维修与检测、驾驶员培训、汽车租赁等行业管理。负责道路运输市场监管及信用管理工作。负责道路运输信息化建设管理。指导公交、出租车的运营及安全工作。指导行业节能减排工作。组织协调春运、节假日运输。承担国家、省和市重点物资、防汛抗旱、抢险、救灾和人员疏散等紧急客货运输。负责应急值班工作。指导交通运输安全生产和应急处置体系建设。组织协调公路、水路工程建设和营运管理的安全监督管理工作。负责督促指导道路、水路运输、港口及营运车辆、船舶的安全监督管理工作。依法组织或参与重大突发事件的协调处置和有关事故的调查处理工作。负责市交通运输局安全生产领导小组日常工作。承担国家安全、反恐等专项工作的协调。